У 2018 році Музей воєнного дитинства отримав Музейну премію Парламентської асамблеї Ради Європи — одну з найпрестижніших нагород у музейній галузі, що присуджується в межах церемонії нагородження «Європейський музей року».
Щорічно з 1977 року Музейна премія Парламентської асамблеї Ради Європи присуджується музею, який зробив значний внесок у поглиблення розуміння європейської культурної спадщини. Ця премія також є символом визнання винятковості підходу музею-переможця до музейної справи.
Оголошуючи переможців, Рада Європи зазначила: «Музей воєнного дитинства, що свідомо є аполітичною організацією, має на меті заповнити пробіл у документуванні дитячого досвіду війни шляхом проведення досліджень і поповнення колекції предметами, зібраними не лише в Боснії і Герцеговині, а й серед діаспори, яка живе за кордоном, і в глобальному масштабі. Журі високо оцінили музей як потужну модель громадської ініціативи, що здатна сама себе забезпечувати, та зазначили, що він є прикладом, який можливо відтворити в інших зонах конфлікту і постконфліктних зонах в усьому світі».
Журі з 13 експертів із різних європейських країн, обирали переможця з-поміж сорока фіналістів із 22 країн. Музей воєнного дитинства отримав бронзову статуетку «La femme aux beaux seins», створену скульптором Жоаном Міро, яка зберігалася в Музеї протягом року, а також диплом. Церемоній нагородження було дві: перша в Страсбурзі у квітні 2018 року, а друга — у Варшаві у травні 2018 року під час Щорічної асамблеї Європейського музейного форуму.
